彩色玻璃艺术也将12和13世纪的光学技术在巴黎圣母院这个哥特建筑中的一个很伟大的成就之一。这场大火，使得原来的彩色玻璃几乎没有保留，所幸的是有标志性和不可复制性的三朵位于大教堂三个主要入口的玫瑰窗幸存下来。同时这个描绘亚当夏娃的诱惑的小彩色玻璃也是这场劫难中的幸存物。

在法国教堂中以彩色玻璃著称的要属沙特尔大教堂为首；它的彩色玻璃是最富有特色的，是选用18幅画面用来衬托中间的一幅画面，这幅画面就是贝依·弗里埃尔圣母画，其余的画面则是阐述耶稣的事迹或是最后的晚餐等主题的，这些彩绘玻璃色彩调配富有对比性，富丽堂皇，美不胜收，是12世纪哥特式彩色玻璃画的杰出作品。
西罗马帝国灭亡后，欧洲进入了近千年政教合一的中世纪时期，教权统治使文化、哲学、科学、艺术等领域都附庸于神学。彩绘玻璃作为一种艺术形式在这个时期发展达到巅峰，在教堂装饰中运用空前。
因为大教堂在1642年英国内战期间遭受了破坏，当时奥利弗·克伦威尔的士兵在整个建筑物内横冲直撞，打破了彩色玻璃窗。在后来的修复工作中，艺术家们采用随机拼接的方式，将图案拼凑在一起，形成马赛克瓷砖一样的视觉效果。